人类乳头瘤病毒在皮肤癌和其他解剖部位的肿瘤似乎起决定作用。口腔良性赘生物和癌前病变，皮肤鳞状细胞癌组织中可发现HPV11、16、18型脱氧核糖核酸，曾报道喉部HPV6乳头瘤恶变成喉癌，皮肤疣状表皮发育不良是人类乳头瘤病毒潜在致癌作用的证据，皮肤疣状表皮发育不良皮损中发现多种人类乳头瘤病毒型脱氧核糖核酸，并在患者皮肤鳞状细胞癌中检出HPV5、8、14、17及20型，皮肤鳞状细胞癌似乎是由毒性损害恶变而来的。生殖器癌与人类乳头瘤病毒类型有一定的关系。利用脱氧核糖核酸杂交技术发现生殖器癌组织中存在HPV6、11、16、18型等。根据人类乳头瘤病毒与宫颈癌的关系，可将其分为两大类型：低危型主要指HPV6、11型，高危型是指HPV16、18型。由于人类乳头瘤病毒感染而发生的尖锐湿疣也可能是癌前损害，并可发展成肛门生殖器皮肤鳞状细胞癌，这表明 人类乳头瘤病毒是女阴、阴茎及肛门生殖器皮肤鳞状细胞癌的重要因素。尖锐湿疣，巨大尖锐湿疣和疣状皮肤鳞状细胞癌组成一个生殖器癌前病变和癌的损害病谱，有些部位生殖器癌病例在其周围皮肤有尖锐湿疣存在，有时肉眼见为典型的尖锐湿疣，但组织学检查中发现皮肤鳞状细胞癌的孤立病灶。鲍温样丘疹病常见于阴茎、女阴或肛门周围，曾在皮损内发现HPV16型脱氧核糖核酸。
在某些自然的或实验条件下，人类乳头瘤病毒诱发的尖锐湿疣虽具有转化为癌的倾向，然而这种转化率病不高，不是所有的人类乳头瘤病毒感染者都会进展为癌。对于大多数患者而言，这种转化还需要其它辅助因子的存在，例如吸烟、化学物质、宿主因素(例如HIV感染)和环境协同因素等，均对尖锐湿疣转为恶性肿瘤有致突变及启动作用。从临床情况而言，尖锐湿疣的癌变趋向可能与以下几种因素有关：
(1)免疫功能降低或身体衰弱时的人体易患尖锐湿疣，而癌症的发生也与免疫功能有关，加上某些原因激活癌基因、免疫状态改变和某些致癌物质作用，或皮损融合成片，长期不愈，形成溃疡，浸润糜烂，有继发感染等慢性刺激，最终发生细胞突变而转化为癌。
(2)机体免疫功能下降，复发率高，采取多种有效治疗措施，仍不能有效控制复发的皮损，可能向恶性化发展。
然而一般尖锐湿疣患者，都是早发现早治疗，不会发展成巨大尖锐湿疣。并且没有合并其他慢性免疫性疾病，免疫能力并不是非常低下。不是长期激光强烈刺激或冷冻刺激局部，也不会形成皮损长期不愈、溃疡、浸润糜烂、和继发感染等慢性刺激。所以是可以避免癌变侵向的刺激因素的。
就女性而言，一般只有感染了高危型的人类乳头瘤病毒，宫颈癌及宫颈上皮内才有可能发生高度病变或者癌变。但是，人类乳头瘤病毒的感染、潜伏是一个长期的过程，它可以潜伏在细胞内若干年。从人类乳头瘤病毒感染发生病变到发展成宫颈癌，中间有大约10年左右的时间，在此期间只要定期妇检、做防癌筛查，都可以查出癌前病变，及时治疗，避免悲剧的发生。
湿疣医生在线提醒：有资料显示，在对一组442例尖锐湿疣患者组织学观察结果表明，患鳞状上皮增生93例占总术的21％，上皮不典型增生31例占总数的7％，鳞癌变2例占总数的0.45％。由此可见，尖锐湿疣是可以诱发癌变的，但这个比例非常低，绝大多数尖锐湿疣并不会癌变。因此，尖锐湿疣患者不必为此而整天担心忧虑，更不要心理过于恐慌。只要积极科学的治疗，是一定可以康复的。
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