在治疗时阴茎尖锐湿疣复发是最大的问题，有人认为在3个月内最低复发率为25%，目前的各种治疗方法都不能完全防治阴茎尖锐湿疣的复发。有人推测HPV感染之后可能终生潜伏着这种病毒。减少和预防阴茎尖锐湿疣复发要注意以下事项。

　　(1)彻底治疗，包括显性感染和亚临床感染，同时注意其他发病部位的治疗，包括子宫颈、阴道、肛门、直肠、尿道等部位。

　　(2)对可能伴发的其他性病，也要及时彻底的诊治。

　　(3)定期门诊复查，尽早治疗。

　　(4)动员性伴检查和治疗，防止再感染。

　　(5)联合治疗，尽量彻底清楚潜伏感染。

　　(6)对包皮过长的男性患者可进行包皮环切术。