阴茎湿疣是由于人类乳头瘤病毒通过不洁性生活进行感染，接触部位的小创伤可促进感染，三种鳞状上皮(皮肤、黏膜、化生的)对人类乳头瘤病毒感染均敏感。每一型人类乳头瘤病毒与特殊的临床损害有关，且对皮肤或黏膜鳞状上皮各有其好发部位。当含有比较大量病毒颗粒的脱落表层细胞或角蛋白碎片进入易感上皮裂隙中时，感染就可能产生，它可因直接接触或少见的自动接种或经污染的内裤、浴盆、浴巾、便盆感染。

　　病毒感染人体后，可潜伏在基底角朊细胞间，在表皮细胞层复制，人类乳头瘤病毒侵入细胞核，引起细胞迅速分裂，同时伴随病毒颗粒的繁殖与播散，形成特征性的乳头瘤。晚期基因表达结构多肽，即出现结构蛋白装配颗粒，病毒主要集中在颗粒层中的细胞核内，在表皮的颗粒层出现凹空细胞增多，组织学上正常的上皮细胞也有人类乳头瘤病毒。

　　但是不论是激光治疗冷冻治疗还是电灼烧与抗生素治疗的结果都有可能发生残余的脱氧核糖核酸常可导致疾病的复发。

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