传统的物理治疗方法，如冷冻，激光，电烙，手术等，仅仅能够破坏疣体表面组织，术后必须另外进行抗病毒治疗，患者痛苦大，治疗时间长，费用昂贵，也容易因为人体自身免疫能力下降而反复发作。
一、药物治疗
(1)5%5-fu软膏 5-fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
(2)醋酸：三氯醋酸是一种强酸，可用来烧灼疣体，一般用于治疗ⅱ型病变。涂抹前先用棉球醮2%的卡因贴敷于病变局部3-5分钟后，用棉签醮50%三氯醋酸涂抹病变，使药液达基底部;涂药时注意勿伤及周围健康粘膜组织，经期勿用;每周用药2次。或用20%柳酸冰醋酸外搽。
二、激光治疗
对外阴、肛门周围等表浅的湿疣合适;它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。治愈率可达80%。
三、电灼治疗
电烧灼是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。高频电刀或电针，对宫颈或阴道较小病损治疗较合适。较大的疣则需分批电灼。
四、微波治疗
这是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
五、冷冻治疗
液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70%左右。治疗过程中除局部红肿，疼痛及水疱反应外，一般无明显后遗症。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。一般月经后治疗。
六、手术刮除法
治疗时左手将病变部位的皮肤或粘膜绷紧，或手持消毒刮匙自根部稍用力将病变组织刮除;关彻底清除创面的残余病变组织，然后用33%三氯醋溶液或纯碳酸溶液或3%氯化铁液涂局部。
七、手术切除
对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。根据疣块、覆盖面积，选择病灶切除或外阴切除。
八、中医治疗 中医采取辨证施治的方式，将疾病的内外因相结合，可达到标本兼治的目的。另外，中药治疗的特点是时间长，因此要求患者能够坚持长期的治疗，方能取得显著的疗效。而且在尖锐湿疣治疗的过程中，大家切不可滥用像免疫抑制类或激素类的药物，以免形成冲突。目前，以国家发明专利（专利号：2011101665723）治疗尖锐湿疣效果最佳，治愈率99.62%。
传统的物理治疗方法，如冷冻，激光，电烙，手术等，仅仅能够破坏疣体表面组织，术后必须另外进行抗病毒治疗，患者痛苦大，治疗时间长，费用昂贵，也容易因为人体自身免疫能力下降而反复发作。资料显示表明，如果单纯采用激光等方法治疗，47.5%的病人在七天以后即复发，并留下巴痕，影响愈后正常的夫妻生活，给患者带来长期的精神痛苦。三氮醋酸，或其他腐蚀性及强的化合物，以单纯腐蚀消除疣体为目的。虽然见效快，价格低廉，但与物理治疗方法一样，虽然能在短时间内消除疣体，但治标不治本，极易复法。
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