 对尖锐湿疣的治疗以去除局部增生性疣体为主，配合局部或全身增强免疫力的治疗。在选择时以有效、简便、安全、不引起疤痕为基本原则。
1、局部药物治疗：
为目前最常采用的方法，疗效较肯定。
（1）0.5％鬼臼毒素酊
可抑制表皮细胞有丝分裂，并引起组织坏死，且副作用小。每日涂药2次，3天为一疗程，重复用药需间隔4天或4天以上。主要副作用为局部轻度红斑、水肿、糜烂、和疼痛。
（2）10％～25％足叶草脂酊（或乙醇液）
作用机理同鬼臼毒素，但刺激性大，可致全身吸收毒性反应。孕妇及小儿禁用。
（3）5％ 5-氟尿嘧啶
有软膏和溶液制剂，外用时应注意保护正常皮肤。用于治疗男性尿道内疣时待膀胱排空后用喷管注入霜剂12ml或用棉棍涂布，每日4次，治疗后扩张尿道以免粘连。用于阴道湿疣时将5％药液浸湿纱布，塞入阴道，2小时取出。
（4）25％～50％三氯醋酸溶液
此药不被粘膜和皮肤吸收，可用于孕妇尖锐湿疣的治疗。 每日1次，连用4～6天，间隔1周可再用。
（5）中药制剂（派特灵）
此药由中国科学院研制，为纯中药制剂，通过细胞毒性作用抑制疣体细胞增殖，并对HPV病毒有抑制和杀灭作用。每天2次用药3天，停药4天为一疗程，祛除疣体及亚临床感染需3-4疗程，防止复发用50倍稀释液湿敷患处。该药比较安全，局部不良反应少且轻。使用方便，疗效明显，祛除疣体后复发率低，是目前治疗尖锐湿疣的一种有效的新疗法。
（6）咪喹莫特
是一种新型外用的免疫调节剂，通过诱导机体产生干扰素起到抗病毒和抗肿瘤能力，每周3次用药，共4个月疗程。
2、物理疗法:
是目前去除疣体的主要疗法，去除疣体的效果还是可以的。
（1）常用的有CO２激光、电烧灼或电干燥、 冷冻和微波等：激光治疗疣体清除率高，但复发率也高，对尿道口内和肛管内的疣体建议不宜激光治疗，以免形成瘢痕狭窄；对有瘢痕体质的患者要避免用激光治疗。
（2）艾拉光动力：特殊部位的尖锐湿疣（如疣体发生在尿道口、尿道内、肛管内和外阴部腺体开口周围的）可以直接选择艾拉光动力治疗。艾拉光动力治疗尖锐湿疣痛苦比较小，相对激光、冷冻、电灼是很微创的了。不过，光动力治疗费用很高，一般人难以承受，且依然有较高复发几率。
3. 局部注射药物：
可选用干扰素、争光霉素和5－氟尿嘧啶。
5. 全身治疗:
目前多与局部治疗联合使用，可起辅助治疗作用。可酌情选用聚肌胞、干扰素、胸腺肽肌肉注射。
患者的病情症状各有不同，疣体的多少、大小、出现的部位，病情的长短，和是否治疗，均各有不同。因此需要按个体情况选择合适的治疗方法，具体治疗还应该在正规医院的皮肤性病科诊断治疗。
再有，尖锐湿疣治疗后的复诊很重要，应该定期复诊，尤其是前3个月，因为尖锐湿疣很容易复发，任何治疗方法都无法完全保证HPV病毒不会复发。一般要求随访至6个月，在彻底清除疣体后随访6个月未见疣体复发可以判断尖锐湿疣基本治愈。
6.中医治疗
早在2004年就有治疗尖锐湿疣的纯中药组方，当时临床治愈率已达99.4%，并申报国家知识产权局，获得国家发明专利（专利号：2004100146033）。从2004年至今已然过了10多年，无论从治疗方法上，还是临床实践，都进行了深入研究，通过医学专家组的努力，于2011年取得巨大突破，将尖锐湿疣的治愈率突破至99.62%，再次获得国家发明专利（专利号：2011101665723）。该组方于2015年2月被苏州大学出版社出版的《尖锐湿疣的诊治》一书收录，对医学工作者和患者朋友带来了康复指南。
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