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一、尖锐湿疣的局部药物治疗：西药中没有针对尖锐湿疣病毒的特效药，并且副作用大，患者很难按照医生的指示进行涂抹治疗。因此是治标不治本的。
软膏 5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
(2)疣敌：用单孔或多孔的塑料小棒，将0.5%“疣敌”溶液滴于湿疣上，并使药液慢慢渗透到疣基底，点药后的湿疣紫色，待自干后即可，注意点药不可过多，以避免药液流到正常组织。点药4小时后用清水洗去。
(3)醋酸：三氯醋酸是一种强酸，可用来烧灼疣体，一般用于治疗Ⅱ型病变。涂抹前先用棉球醮2%的卡因贴敷于病变局部3￣5分钟后，用棉签醮50%三氯醋酸涂抹病变，使药液达基底部;涂药时注意勿伤及周围健康粘膜组织，经期勿用;每周用药2次。或用20%柳酸冰醋酸外搽。
（4）咪喹莫特：属于眯唑喹啉类化合物，是一种外用免疫增强剂，可刺激先天性免疫和获得性免疫，在动物模型中有强大的佐剂、抗病毒和抗肿瘤作用。咪喹莫特局部使用，通过与细胞表面的Toll样受体结合而发挥作用，诱导包括干扰素α2b、γ,TNF一α和IL一2在内的细胞因子的产生。咪喹莫特也能激发自然杀伤细胞的活性，刺激巨噬细胞分泌一氧化氮，促进B细胞增殖、分化。通过检测HPV—DNA和mRNA的表达发现，使用咪喹莫特后疣清除量和病毒载量明显减少。
使用方法，5%咪奎莫特(imiquimod)霜涂于疣体上，隔天1次.每周3次，睡前使用，并于第2天早晨用温和肥皂与清水冲洗。治疗持续到疣体清除或最长至16周。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确定。
二、尖锐湿疣的全身治疗：提高机体抵抗力为主，适用于反复发作或病变顽固不愈者，常用药物为干扰素、胸腺素、聚肌胞等。
三、中药治疗：以2011101665723号国家专利中医纯中药组方为代表，治愈率高达99.62%。
中医认为尖锐湿疣是由于人体正气不足，抗邪无力，邪毒外感，湿热蕴结，流滞肝经而犯病。外洗方有杀虫、消疣、除湿、止痒作用。中药煎剂浸泡、坐浴患处较之淋洗更利于药物的吸收、存留，有较持久的杀灭病毒、控制感染的作用；内服方可以清热利湿以解肝经湿热之毒，活血化瘀以祛除赘生之物，解毒杀虫以抗病毒之害。中药内服外洗，内外合治，疗效满意。
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