男女尿道口和尿道内均可能出现尖锐湿疣，表面可以是光滑的疣体，也可呈乳头瘤状、毛刺状，通常表面潮红湿润，尿道内的尖锐湿疣可以比较深，位置隐蔽，一般检查不容易发现，需要有经验的医生将尿道口分开，充分暴露尿道粘膜方能见到疣体。有时HPV病毒可沿尿道逆行向上，造成更深部位尿道上皮的感染，此时需作尿道镜检查才能发现。尿道内尖锐湿疣治疗颇为麻烦，如果不选用合适的治疗，可以导致尿道内形成瘢痕、狭窄等，导致排尿变线、尿道不全阻塞等后遗症。女性尿道短，HPV感染更容易上行。
2、女性宫颈尖锐湿疣
宫颈口上皮是从阴道的复层鳞状上皮向宫颈管的柱状上皮相移行的部分，由于性接触对宫颈口的机械性刺激，此处容易出现宫颈糜烂等，此处也是比较容易长尖锐湿疣的部位，尤其是男性尿道口及其附近有尖锐湿疣而性行为又没有保护措施时。此外，如果感染16、18等HPV亚型，上皮细胞多易发生非典型增生，继而发展为侵袭性的宫颈癌。研究表明，95%以上的宫颈癌都可能与HPV感染有关。
3、女性阴道穹窿尖锐湿疣
此处的尖锐湿疣最大的特点就是不容易发现，因为位置非常隐蔽，如果医生检查时不仔细，很容易漏掉。
4、肛门周围尖锐湿疣
肛周皮肤多皱褶，且行走时左右侧皮肤容易相互摩擦，因此一旦发生尖锐湿疣常常会出现较大面积多部位发作。有时候由于局部瘙痒，患者容易出现搔抓，比较容易出现自身传染。由于局部皮肤组织相对较厚，外用药物等治疗较其他部位相比难度有增加。男性肛周的尖锐湿疣，应注意询问有否同性恋史或肛交史，同时要检查肛管和直肠内是否有尖锐湿疣。
5、肛管和直肠尖锐湿疣
由于患者自己容易发现肛管内和直肠内是否有疣体，所以一般都是医生检查才能发现，而且必须通过肛镜或者直肠镜等才能发现。治疗上比较棘手，一是复发率非常高，一是治疗后局部由于大便等的影响，非常容易出现感染，伤口愈合困难。
6、口唇及口腔、咽部尖锐湿疣
尖锐湿疣偶可发生在口腔及咽喉部粘膜上皮，表现为小的、 潮红、 柔软、表面呈乳头状的疣赘状物，这发生在口交行为后，女性和男同性恋均可出现。此外，也有通过吸入含有HPV的烟尘等引起的感染。
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