 HPV病毒及相关疾病的治疗方法较多，包括物理治疗、化学药物治疗、生物学治疗、手术治疗及中医药治疗等多种治疗手段，但目前最为有效的要数国家201110166572.3号专利配方，该配方是从200410014603.3突破而来，治愈率已达99.62%。下面，我们来具体看看这些方法的特点：
一、物理治疗
物理治疗既有一定的杀灭病毒作用，又可破坏HPV感染的组织和赖以生存的环境条件，加速病毒的清除。目前常用的方法有：冷冻治疗、热疗、激光治疗、微波治疗、光动力治疗(PDT)等。
光动力治疗(PDT)：是利用光激活光敏剂后产生光化学效应选择性杀伤病原微生物及被某些病原微生物感染的细胞。可通过破坏HPV感染的细胞有效清除疣体及宫颈上皮细胞中的高危型HPV DNA，安全有效。PDT后一般不会因造成严重组织损伤。
二、化学药物治疗
药物治疗使用比较方便，但需要治疗时间较长，有些药物临床还在应用,有些药物由于疗效和毒副作用的关系,已经不在临床常规使用.目前常用的治疗药物有：。
1、咪喹莫特：是一种在临床上应用较多、相对安全和有效的局部免疫调节抗病毒制剂。
2、鬼臼毒素：是在临床应用多年有一定效果的治疗HPV相关病变和杀灭HPV的药物。
4、从绿茶提取化合物:是从绿茶叶提取的植物药，体外研究能够影响HPV相关细胞株的生长、凋亡、细胞周期、基因表达。目前正在处于临床验证中,可能是很有希望的治疗HPV相关疾病的药物.
5、西多福韦。西多福韦是一种核苷类似物，临床上用于治疗巨细胞病毒感染，在体外有抑制包括HPV在内的广谱抗DNA病毒活性，有研究表明局部应用能有效治疗HPV相关病损及清除HPV，也是用于手术治疗后清除病毒的辅助手段。曾经有人将西多福韦治疗HPV6、11引起的复发性呼吸道乳头状瘤病或宫颈上皮内瘤有效，但其系统应用毒副作用较大, 其是否能够在治疗HPV相关疾病中应用还尚待进一步明确。
三、生物学治疗
1、干扰素的病灶内注射和系统注射或局部霜剂涂抹，可直接破坏病灶表面吸附的及残留的病毒，主要用于减少HPV相关病损在手术或物理治疗后的复发。
2、治疗性疫苗：国外已有多种治疗性疫苗在临床前研究取得良好结果，并在治疗HPV
3、相关病变的临床研究阶段亦显示出很好的效果，但不太适用于存在明显免疫缺陷的HPV感染者。
4、其他免疫调节剂如白介素-12、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子,转移因子、免疫球蛋白,红色诺卡氏菌细胞壁骨架制剂等非特异性免疫调节剂也有用于临床治疗尖锐湿疣和HPV感染的报道,但仍需要有足够的循证医学证据来进一步证实。
四、手术切除治疗
传统的手术不是直接消灭HPV，但通过切除包含HPV感染的病灶，以及术后的炎症反应和自身免疫功能的激活，可使HPV转阴率明显升高，具有较好的效果。
五、中医药治疗
中医认为，尖锐湿疣发作是主要因湿热邪毒、外侵肝经、湿热内蕴所致的。由于中医治疗取材方便，治疗彻底，目前仍有很多尖锐湿疣患者愿意接受中医治疗的原因所在。中医根据患者的体质和疣体的大小，结合全身状况，常划分为3型论治：它们是湿热下注证、外染毒邪证和气血瘀滞证。湿热下注证常发生于素体肥胖，阴部潮湿的患者；外染毒邪证常发生于不洁性交的患者；而气血瘀滞证主要见于湿疣日久，疣体灰暗的患者。研究报道较多的一些中草药,如细辛、紫草、北豆根、龙胆、大青叶、败酱草、姜黄素、余甘子等的提取物体外有一定抑制HPV病毒的作用。目前，国家201110166572.3号在临床上应用十余年，帮助过众多饱受物理、化学疗法痛苦后仍未康复的患者重获健康人生。
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