尿道尖锐湿疣的病程不定，常持续多年，经久不愈，也有极少数较小的疣体可能在数月内自行消退，但仍会复发。尿道尖锐湿疣复发的原因与下列因素有关。
 

　　(1)激光、电灼、冷冻、手术及局部点涂药物等治疗方法只能去除临床肉眼所见的疣体，而肉眼能见的疣体仅是所有HPV感染中的一小部分，因此不能去除亚临床感染及治疗后残留的病毒，所以复发率高。
 

　　(2)尿道尖锐湿疣患者的性伴侣没有得到有效的检查或治疗，另一方仍是亚临床感染或病毒携带者，导致再次感染。
 

　　(3)部分患者除尖锐湿疣外，还有其他引起细胞免疫功能异常的性病或其他系统性疾病d如肾移植术后长期口服免疫抑制剂的病人、艾滋病病人尖锐湿疣的复发率较高。
 

　　(4)少数患者生活习惯不良，在治疗的同时，往往生活不规律、熬夜酗酒、不注意锻炼身体等，影响自身的免疫功能，增加尿道尖锐锐湿疣复发的可能性。
 

　　(5)缺乏有效的抗HPV药物。